实验室将按照上海市科学技术委员会的相关规定，参照上海市重点实验室建设与运行管理办法，在复旦大学领导下、在学术委员会的指导下，实行主任负责制。复旦大学通过“重点实验室管理委员会”对全校重点实验室各项工作进行规划、组织、协调和决策。复旦大学重点实验室管理委员会由分管校长任组长，学科、人事、资产、财务、研究生等相关职能部门负责人为成员，解决重点实验室建设与运行中的有关问题并为重点实验室提供有力的技术支撑、后勤保障。

设实验室主任1人，副主任2人，全面负责实验室工作。实验室主任全面负责协调实验室管理工作。各研究课题组学术带头人具体负责协调各研究方向的人员管理，并不断促进各研究方向的交流与合作。实验室主任、副主任具有较强的实验室组织管理和协调能力，并在学科发展中起着带头作用。实验室主任每届任期三年，连续任职不得超过三届，评估后换届，换届结果报送市科委。实验室主任每年在实验室工作时间不少于八个月，不得兼任同一类型的省部级以上基地的行政领导职务。

实验室学术委员会是重点实验室的学术指导机构，由国内同行知名专家组成，对实验室整体运行、工作进展情况、各课题组发展方向和研究内容提出建议和指导，并对各课题的研究成果和水平进行阶段性考察、评议及鉴定；负责审议实验室的目标、研究方向、重大学术活动、年度工作计划和总结；审批开放课题申请书、监督经费使用、协调对外开放等，由此使实验室的研究方向更加明确，研究重点更为突出，实际效益更为显著；对实验室及本学科前沿研究领域提出建设性意见，为实验室的未来发展指明方向。学术委员会每年至少召开一次会议，并形成学术委员会会议纪要，指导实验室的运行和发展。学术委员会主任和委员由依托单位聘任。学术委员会主任一般应由非依托单位人员担任，连续任职不得超过三届。学术委员会委员每届任期三年，可以连任。每次换届应更换三分之一以上。

实验室由固定人员和流动人员组成。固定人员包括研究人员、技术人员和管理人员，流动人员包括访问学者、博士后研究人员。重点实验室应设置专职秘书岗位，专门从事重点实验室日常管理事务。

实验室按研究方向和研究内容设置研究单元，保持人员结构和规模合理，并适当流动。重点实验室应注重学术梯队和优秀中青年队伍建设，稳定高水平技术队伍，加强研究生培养。